Une maladie s'abat sur Fiore : la maladie des Songes ! Elle touche les victimes dans leurs sommeils, et ils devront survivre à un horrible cauchemar, sinon ils ne se réveilleront plus. Le Conseil Magique s'oppose à la guilde sombre Grimoire Heart, qui détient un grimoire qui relaterait l'origine de cette maladie : il s'agirait d'un mauvais tour du célèbre mage noir, Zeref !

Soudain, un Gouffre apparait dans le royaume, un gouffre que rien ni personne ne peut franchir...sauf les personnes ayant survécus à la maladie. Neufs mages dans ce cas-là sautent dans le gouffre, attirés irrémédiablement, et doivent alors faire face à trois gardiens des lieux !

Pendant ce temps, sur terre, le conseil déchiffre le grimoire qu'ils ont récupérés et trouvent le moyen de passer le gouffre. Ils engagent dans l'urgence quatre mages qui ont pour mission de découvrir le lien entre la maladie et ce gouffre. Les quatre mages viennent en aide aux neufs autres, et puis finalement arrivent au sommet d'un château, où ils font face à Hadès, le chef de Grimoire Heart, et sa fidèle servante Nahoko Kie. Nahoko se sacrifie, ainsi qu'Hadès, pour libérer le monstre qui sommeille dans le monde des rêves, le monde à l'intérieur du gouffre, et comme le voulait Zeref, répandre le mal sur terre !

Les treize mages sont donc renvoyés sur terre, et doivent combattre le monstre. Ils réussissent aux prix de lourds efforts, et le monde est alors sauvé de la maladie avec en plus la destruction de la guilde de Grimoire Heart !

Une nouvelle guilde illégale fait son apparition, avec à sa tête Seisui Nova : Phoenix Wing. Cette guilde a pour crédo de recruter ses mages...dans leurs prisons ! En effet, le chef, pouvant se téléporter, rend visiter à des mages illégaux dans leurs cellules, et après avoir obtenu leur serment qu'ils feront parti de la guilde, le libère, se construisant une petite armée, et tout ça dans le but de reformer le conseil magique.

Pourtant, le Conseil organisa une fête qui rassembla tous les mages du Royaume pour fêter la fin de Grimoire Heart. Cependant, une guilde noire fit son apparition, troublant la bonne ambiance : la guilde, Legion, dirigée par Aleksander, était en vérité Phoenix Wing, mais avec un nouveau chef et de nouveaux idéaux. Ayant fait de Seisui Nova une marionnette, Legion usa de son pouvoir pour téléporter tous les mages présents : seuls une dizaine purent rester sur place. Le combat commença entre les mages et les criminels, mais il s'avéra que cette attaque était juste une diversion pour attirer les gardes royaux hors d'Era, le siège du Conseil. Une fois ceci fait, Legion quitta alors la capitale en direction du Conseil, qui n'avait plus aucune protection.

Quelques mages légaux poursuivirent cependant la guilde sombre, et c'est dans le siège même du Conseil que les combats continuèrent ! Pourtant, Legion arriva finalement à obtenir ce qu'il recherchait : une clef, qui serait capable de libérer un démon ancien. Le Conseil rassura les mages en disant qu'il fallait réunir trois de ces clefs, les deux autres étant quelque part perdues dans le Royaume, pour ouvrir la porte, mais il demanda aussi à toutes les guildes de rester vigilantes : Legion pourrait très bien tomber sur les deux
autres clefs, et libérer le monstre, pour faire sombrer le Royaume. La population ne fut pas avertie du but de Legion, seuls les mages le furent : seuls eux étaient capable d'arrêter la guilde sombre.

Legion continuait ainsi à entendre son emprise malfaisante sur le Royaume, perpétuant ses crimes et poursuivant activement les deux autres clefs. Les mages noirs trouvèrent une piste intéressante qui les emmena jusqu'au sein d'une guilde légale toute récente : Angel's Sky, fondée par Luxus Dreher. Les criminels obtinrent une preuve de la localisation de la seconde clef sur une stèle trouvée au préalable par les mages d'Angel's Sky, mais l'attaque entre deux guildes ne passa pas inaperçue. Le Conseil Magique, mit au courant des actions de Legion, observa lui aussi la stèle pour localiser la clef et la trouver avant la guilde noire.

La seconde clef se trouvait, par un hasard spectaculaire, sur l'île même où Legion avait établit son campement. Certains voulut faire vite en utilisant l'Etherion qui réduirait Legion, les clefs et l'île à néant, mais tout le monde n'était pas d'accord. Ils décidèrent alors d'envoyer en urgence quelques mages disponibles et volontaires sur l'île. Si les mages pouvaient arrêter la guilde noire, tant mieux. Sinon, si ces mages étaient capturés ou tués, l'Etherion serait tiré pour en finir avec les problèmes orchestrés par Legion.

Une quinzaine de mages furent ainsi envoyés sur l'île où les combats se multiplièrent. Les plus grands atouts de Legion furent placés mais les mages volontaires furent souvent plus puissants : ensembles, ils combinèrent leurs forces pour renverser la guilde noire. Cependant, Black Jack récupéra malgré les efforts du Conseil la seconde clef et apprit à tous qu'il possédait depuis des années la troisième et dernière clef sur lui. Les trois clefs réunies ouvrirent la porte au démon ancien qui fut enfin prêt à abattre son courroux sur la terre. Mais grâce aux mages de Legion et à Aleksander qui se retournèrent contre Black Jack, les mages du Conseil réussirent à vaincre celui qui contrôlait le démon. L'Etherion fut cependant tiré, le Conseil n'étant pas au courant de la situation, mais le démon fut touché avant l'île, et c'est lui qui fut détruit, sauvant toutes les autres personnes.

Ainsi, le Conseil Magique et les mages de Fiore en eurent fini avec la guilde noire, Legion. Mais des problèmes persistaient : la crédibilité du Conseil Magique était de nouveau ébranlée à cause de l'utilisation abusive de l'Etherion. De même, la fin de Legion ne signifiait pas la fin des crimes dans Fiore; de nouvelles guildes illégales émergeaient et étaient prêtes à verser le sang.